Các viện trực thuộc Bệnh viện
Viện điều trị Cán bộ cao cấp Quân đội (A1)
Viện Tim mạch (A2)
Viện Điều trị các bệnh tiêu hóa (A3)
Viện Lâm sàng các Bệnh truyền nhiễm (A4)
Viện Ung thư (A6)
Viện Chấn thương - Chỉnh hình (B1)
Các trung tâm trực thuộc Bệnh viện
Trung tâm Hồi sức tích cực (A12)
Trung tâm Tiết niệu và Nam khoa (B2)
Trung tâm Phẫu thuật sọ mặt và tạo hình (B8)
Trung tâm Khám bệnh đa khoa và điều trị theo yêu cầu (C1-1)
Trung tâm Xét nghiệm (C2)
Trung tâm Chẩn đoán hình ảnh (C8)
Trung tâm Máy Gia tốc (C18)
Trung tâm Huấn luyện và chỉ đạo tuyến
Trung tâm nghiên cứu Y học Việt Đức
Trung tâm Ứng phó các tình huống khẩn cấp
Trung tâm Tư vấn di truyền và sàng lọc ung thư