Năm 1995 Viện Nghiên cứu khoa học Y Dược lâm sàng 108 được Thủ tướng Chính phủ giao nhiệm vụ đào tạo sau đại học đến bậc tiến sĩ. Từ 3 bộ môn, đến nay Viện Viện Nghiên cứu khoa học Y Dược lâm sàng 108 đã có 12 bộ môn:
- Bộ môn Nội Tim mạch
- Bộ môn Nội Tiêu hóa
- Bộ môn Truyền nhiễm và Các bệnh Nhiệt đới
- Bộ môn Nội Hô hấp
- Bộ môn Thần kinh
- Bộ môn Da liễu
- Bộ môn Gây mê Hồi sức
- Bộ môn Chấn thương Chỉnh hình và Tạo hình
- Bộ môn Ngoại Tiêu hóa
- Bộ môn Răng Hàm Mặt
- Bộ môn Ngoại lồng ngực
- Bộ môn Chẩn đoán hình ảnh
Cơ sở vật chất đầy đủ, trang thiết bị hiện đại phục vụ cho đào tạo và nghiên cứu. Trang bị phòng học ngoại ngữ kỹ thuật số đạt tiêu chuẩn, đào tạo nhiều lớp tiếng anh trình độ B2 (khung tham chiếu châu Âu) cho các BS, DS, KS, ĐD Bệnh viện. Viện NCKHYDLS 108 đã thực hiện nhiệm vụ:
- Đào tạo 461 NCS (307 NCS đã bảo vệ luận án tiến sĩ), 52 BSCKI và II.
- Tổ chức nhiều lớp tập huấn cho bác sĩ của các bệnh viện trong và ngoài quân đội.
- Tổ chức tập huấn cập nhật kiến thức cho điều dưỡng trong Bệnh viện.
- Tổ chức cho các bác sỹ học tập nâng cao trình độ tiếng Anh đạt chuẩn B2.
- Tổ chức cho điều dưỡng được học tập nâng cao trình độ cử nhân.