Ký sự: Trung tâm Xét nghiệm và hành trình chống dịch COVID-19

SARS-CoV-2 – hiểm họa của thế giới

Theo số liệu cập nhật về Virus SARS-CoV-2 của Bộ Y tế ngày 27 tháng 4 năm 2020, cho tới thời điểm hiện tại thế giới đã có hơn 3 triệu ca nhiễm, trong đó có tới 207.265 ca tử vong. Mức độ ảnh hưởng của virus này ở các quốc gia trên toàn thế giới chưa thể thống kê hết bởi con số nhiễm và tử vong vẫn tiếp tục gia tăng. Đại dịch toàn cầu này không chỉ tác động tới sức khỏe, nguy hại đến tính mạng con người mà còn làm đóng băng nền kinh tế toàn cầu. Vậy virus SARS-CoV-2 xuất hiện như thế nào và hành trình chống dịch của toàn thể cán bộ Trung tâm xét nghiệm – Bệnh viện TWQĐ 108 diễn ra như thế nào, chúng tôi xin ký sự đôi dòng dưới đây.

Hình ảnh minh họa virus SARS-CoV-2 ( Nguồn Nature.com)

SARS-CoV-2 – Ghi nhận những ca nhiễm đầu tiên

Ngày 31 tháng 12 năm 2019, văn phòng của Tổ chức Y tế thế giới (WHO) đặt tại Trung Quốc đã thông báo về các trường hợp viêm phổi không rõ nguyên nhân tại thành phố Vũ Hán, tỉnh Hồ Bắc. Từ 31 tháng 12 năm 2019 đến ngày 3 tháng 1 năm 2020, văn phòng WHO tiếp tục nhận được báo cáo từ các nhà chức trách Trung Quốc về việc ghi nhận thêm 44 ca viêm phổi không rõ nguyên nhân. Tại thời điểm này, nguồn lây bệnh vẫn chưa được xác định.

Ngày 11 và 12 tháng 1 năm 2020, WHO đã nhận được thêm thông tin chi tiết từ Ủy ban Y tế Quốc gia Trung Quốc cho rằng vụ dịch có liên quan đến phơi nhiễm từ một chơ hải sản ở thành phố Vũ Hán.

Ngày 7 Tháng 1 năm 2020, Chính quyền Trung Quốc thông báo vụ dịch có liên quan tới một chủng virus corona mới (2019-nCoV) và Trung Quốc đã phân lập chủng mới này thành công.

Ngày 10 tháng 1 năm 2020, trình tự bộ gene đầu tiên của chủng mới virus corona lần đầu tiên được công bố trên virological.org (chủng đầu tiên có tên là Wuhan-Hu-1 với mã số đăng ký trên GenBank là MN908947). Tiếp theo đó tới 12 tháng 1 năm 2020, Trung Quốc tiếp tục chia sẻ dữ  liệu của bốn bộ gen khác của chủng virus corona mới được phân lập trên ngân hàng dữ liệu trình tự của virus được quản lý bởi tổ chức Sáng kiến chia sẻ dữ liệu cúm toàn cầu (GISAID). Bộ dữ liệu trình tự di truyền này là một nguồn tài liệu quý giá để các quốc gia có thể chủ động hơn trong nghiên cứu phát triển xét nghiệm chuẩn đoán nhiễm chủng mới virus corona.

Ngày 13 tháng 1 năm 2020, Bộ Y tế Thái Lan đã báo cáo trường hợp nhập cảnh đầu tiên nhiễm virus corona chủng mới (2019-nCoV) từ Vũ Hán, tỉnh Hồ Bắc, Trung Quốc.

Vào ngày 15 tháng 1 năm 2020, Bộ Y tế-Lao động-Phúc lợi, Nhật Bản (MHLW) đã báo cáo một trường hợp nhập cảnh từ Vũ Hán, tỉnh Hồ Bắc, Trung Quốc dương tính với 2019-nCoV.

Ngày 20 tháng 1 năm 2020, Hàn Quốc ghi nhận ca đầu tiên dương tính với 2019-nCoV cũng nhập cảnh từ Vũ Hán, tỉnh Hồ Bắc, Trung Quốc.

Còn tại Trung Quốc tính đến ngày 20 tháng 1 năm 2020 có tổng số 278 trường hợp (Hồ Bắc (258), Quảng Đông (14), Bắc Kinh (5), Thượng Hải (1)) xác định dương tính với 2019-nCoV trong đó có 51 ca diễn biến nặng, 12 ca trong tình trạng nguy kịch và đã có 6 ca tử vong.

SARS-CoV-2 – Cuộc chạy đua trong xét nghiệm chẩn đoán.

Đứng trước tình hình dịch bệnh có dấu hiệu tăng nhanh và có xu hướng lan rộng ra các khu vực ngoài Vũ Hãn cũng như ngoài biên giới Trung Quốc, một yêu cầu cấp thiết được đặt ra đó là cần có ngay các phương pháp xét nghiệm chính xác giúp chẩn đoán 2019-nCoV từ đó có các phương án can thiếp y tế hiệu quả và kịp thời. Trong số các phương pháp xét nghiệm thì phương pháp phát hiện nucleotide acid của virus bằng kỹ thuật sinh học phân tử Realtime – PCR được xác định là phương pháp có độ tin cây cao. Trong nhiễm trùng đường hô hấp cấp tính, Realtime – PCR thường được sử dụng để phát hiện virus gây bệnh từ dịch tiết đường hô hấp. Có rất nhiều yếu tố ảnh hưởng đến độ nhạy độ đặc hiệu của một phản ứng Realtime-PCR, trong số đó yếu tố phải kể đến đầu tiên đó là trình tự của bộ mồi (primer) và đầu dò (probe).  Trình tự này thường được thiết kế sao cho đặc hiệu đối với các gene đặc trưng nhất của tác nhân cần chuẩn đoán và trong trường hợp này đó chính là 2019-nCoV.

Ngay sau khi dữ liệu trình tự di truyền của chủng virus mới được công bố (10-12/01/2020), các nhóm nghiên cứu trên thế giới như Trung tâm CDC Trung Quốc; Charité, Germany, Nhật Bản, Pháp, Trung tâm CDC Mỹ…đã gấp rút lần lượt công bố trình tự bộ mồi (primer), đầu dò (probe) dựa trên trình tự đoạn gene N, gene E, RdRP…cũng như quy trình để có thể xác định 2019-nCoV bằng Realtime-PCR.

SARS-CoV-2 – Công tác chuẩn bị thần tốc của Trung tâm Xét nghiệm- Bệnh viện TWQĐ 108 

 

Hình ảnh tối ưu hóa xét nghiệm SARS-CoV-2

Mọi thông tin về diễn biến của dịch bệnh từ báo cáo những ca bệnh đầu tiên ở Vũ Hãn, các phương pháp chuẩn đoán liên tục được công bố trên thế giới đều được nhóm nghiên cứu trẻ của Khoa Sinh học phân tử - Trung tâm xét nghiệm cùng với các thành viên nghiên cứu của VG-Care - Bệnh viện TWQĐ 108 liên tục cập nhật thông tin mới nhất về đặc điểm virus 2019-nCoV, mức độ nguy hiểm và khả năng biến chủng của virus này . Ngay khi các trình tự đầu tiên của  SARS-CoV-2 ( thời điểm đó có tên là 2019-nCov) được công bố trên GISAID, toàn bộ dữ liệu đã được tập hợp để chuẩn bị cho công tác xây dựng dữ liệu và thiết kế, kiểm tra các bộ mồi đặc hiệu. Với tinh thần khẩn trương, chủ động chuẩn sẵn sàng phục vụ xét nghiệm do đó trước khi ca nhiễm đẩu tiên được ghi nhận tại Việt Nam (22/01/2020), toàn bộ dự liệu di truyền các chủng virus mới đã được nhóm nghiên cứu của khoa Sinh học phân tử tập hợp để xây dựng bộ dự liệu phân tích để làm cơ sở chuẩn bị các bộ mồi. Thông qua trao đổi hỗ trợ, hợp tác chuyên môn với nhóm nghiên thuộc đơn vị Nghiên cứu lâm sàng Đại học Oxford ở Thành phố Hồ Chí Minh (OUCRU), ngày 04/02/2020 ( khi ca nhiễm thứ 9 ghi nhận ở Việt Nam) Khoa Sinh học phân tử đã có bộ mồi để thử nghiệm và hoàn thiện quy trình xét nghiệm theo hướng dẫn của nhóm nghiên cứu thuộc viện Charité, Đức. Không dừng lại ở đó, qua phân tích trình tự di truyền của các chủng virus mới được phân lập, nhóm nghiên cứu nhận thấy để đối phó với sự biến đổi liên tục của virus việc bao phủ ba vùng trình tự của: gene E (gene mã hóa vỏ virus), RdRp (gene mã hóa enzyme RNA polymerase phụ thuộc RNA) và N ( gene mã hóa vỏ bọc nhân) có thể chưa đủ. Do đó đến ngày 20/2/2020 toàn bộ các trình tư mồi có thể bao phủ trình tự khác của virus như N gene (N1, N2, N3 theo hướng dẫn của CDC- Mỹ), ORF (khung đọc mở) và Spike (mã hóa các gai đặc trưng của virus) đã được nhóm nghiên cứu khoa Sinh học phân tử thử nghiệm để bổ xung vào quy trình. Tất cả các trình tự cả quy trình đều được kiểm tra và thực hiện dựa trên hướng dẫn của WHO.

Hình ảnh tối ưu hóa xét nghiệm SARS-CoV-2 

Không chỉ dừng lại ở việc nhanh chóng chuẩn hóa và hoàn thiện quy trình xét nghiệm, dưới sự chỉ đạo sát sao của Lãnh đạo Trung tâm Xét nghiệm, các hoạt động liên quan khác cũng được nhóm thanh niên của Trung tâm khẩn trương triển khai như: tham gia lớp tập huấn về chẩn đoán SARS-CoV-2 do Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương tổ chức,  đào tạo tại chỗ lấy mẫu, đảm bảo an toàn sinh học và đặc biệt là lên kế hoạch để xây dựng phòng xét nghiệm cách ly ngay tại Viện Lâm sàng các bệnh Truyền nhiễm (nhiệm vụ này nhằm đảm bảo an toàn tuyệt đối không để phát tán virus cho cụm Tòa nhà trung tâm). Chỉ trong 2 tuần làm việc tích cực khẩn trương với sự chung sức của các phòng, ban trong Bệnh viện, phòng xét nghiệm Sinh học phân tử phục vụ chẩn đoán SARS-CoV-2 thuộc khu Cách ly đã hoàn thành đảm bảo tiêu chuẩn chặt chẽ của một phòng xét nghiệm an toàn sinh học cấp 2. Mọi quy trình, hồ sơ tại Phòng xét nghiệm đều được xây dựng theo tiêu chuẩn ISO15189. Ngày 19/03/2020 đoàn chuyên gia của Viện Vệ sinh dịch tế Trung ương (theo sự phân công của Bộ Y tế) đã tiến hành đánh giá, thẩm định hồ sơ, năng lực xét nghiệm SARS-CoV-2 tại đây. Đoàn chuyên gia đã đánh gia rất cao tính chuyên nghiệp, chặt chẽ về hồ sơ xét nghiệm từ kiểm soát an toàn sinh học, đào tạo đến quy trình trước trong và sau xét nghiệm; đồng thời 100% mẫu kiểm định đều đạt. Dựa trên đánh giá của đoàn chuyên gia, ngày 21/03/2020, Bệnh viện TWQĐ 108 được Bộ Y tế công bố là một trong số các đơn vị được được Bộ Y tế cho phép xét nghiệm khẳng định mắc COVID-19 (theo quyết định số 1282/QĐ-BYT).

 

Hình ảnh thực hiện xét nghiệm SARS-CoV-2 tại phòng xét nghiệm Sinh học phân tử -  Khu cách ly

Trung tâm xét nghiệm với nòng cốt là các cán bộ trẻ thuộc đoàn thanh niên luôn xác định được vai trò tiên phong của mình trong công tác chung của Trung tâm do đó trong suốt thời gian qua đã luôn nỗ lực hết mình, tham gia nhiệt tình vào phong trào chống dịch chung của Bệnh viện. Một đội lấy mẫu luôn thường trực 24/7 để sẵn sàng nhận nhiệm vụ vào bất cứ thời gian nào khi có yêu cầu của lâm sang. Khoa Sinh học phân tử cũng chủ động xây dựng các phương án phòng bị cho mọi tình huống diễn biến của dịch để đảm bảo kết quả xét nghiệm nhanh – chính xác nhất, tính đến ngày 27/04/2020 đã có hơn 900 xét nghiệm SARS-CoV-2 được thực hiện. Những nỗ lực không ngừng nghỉ với một tinh thần quyết tâm cao của tuổi trẻ Trung tâm xét nghiệm đã góp phần không nhỏ trong thành công bước đầu của công tác đảm bảo an toàn phòng chống dịch Covid-19 của Bệnh viện TWQĐ 108.

Tháng 4 – Năm 2020

Khoa Sinh học Phân tử C2-F, Bệnh viện Trung ương Quân đội 108

Chia sẻ