Tháng 7/1951:
Cục Quân y thành lập 9 phân viện tĩnh tại. Theo đó, Bệnh viện Trung ương Yên Trạch (tiền thân của Bệnh viện TWQĐ 108 ngày nay) được đổi tên thành Phân viện 8. Lúc này, Ban Chỉ huy viện chỉ còn lại bác sĩ Trần Bảo, sau đó Cục Quân y bổ sung sinh viên Trương Xuân Đàn và quân y sĩ Vũ Đình Tuân về làm Viện phó tạm thời (sau đó lại điều động luôn đi đơn vị khác).
Trước đó 3 tháng, ngày 01/4/1951, Cục Quân y chính thức tổ chức lễ thành lập bệnh viện, lấy tên là Bệnh viện Trung ương Yên Trạch. Ban lãnh đạo và chủ trì các bộ phận của Bệnh viện khi mới thành lập có: bác sĩ Vũ Văn Cẩn - Cục trưởng Cục Quân y là Viện trưởng; bác sĩ Trần Bảo - Viện phó, kiêm phụ trách Ban Ngoại. Sinh viên Vũ Trọng Kính phụ trách Ban Nội, thay quân y sĩ Vũ Văn Thuận đi học lớp đoản kỳ. Y tá trưởng Trần Văn Soát phụ trách phòng khám bệnh; phụ trách quản trị: đồng chí Lê Đăng Tự, có đồng chí Nguyễn Chính giúp sức; phụ trách dược: dược tá Nguyễn Trọng Châu, phụ trách nhà bếp thương binh kiêm dinh dưỡng: y tá Nguyễn Hào.
Tháng 7/1952:
Phân viện 8 tổ chức học tập, triển khai thực hiện chỉ thị bình xét cấp và chấn chỉnh biên chế. Phân viện bình cấp trung đội, Cục duyệt cấp trưởng đơn vị. Do được học tập và tiếp thu nhiều kinh nghiệm tốt của Quân y nước bạn Trung Quốc trong thời gian ở Thủy Khẩu, nên ngay từ khi thành lập Bệnh viện Trung ương Yên Trạch (4-1952), Bệnh viện vẫn tiếp tục triển khai thực hiện các chế độ theo tài liệu “Chức trách, chế độ công tác bệnh viện” do cố vấn Vu Tức Thanh biên soạn và bác sĩ Trần Bảo tham gia chỉnh lý cho phù hợp với thực tế Việt Nam. Các chế độ chuyên môn đã được tiến hành là: chế độ thường trực cấp cứu, vào - ra viện, chuyển ban, khám bệnh, kê đơn, viết bệnh án, chế độ lĩnh - bảo quản thuốc men - dụng cụ, quản lý buồng bệnh, vệ sinh bệnh viện, chế độ ăn uống, nghỉ ngơi của bệnh nhân, chế độ kiểm thảo tử vong, chế độ tử sĩ. Các chế độ hành chính đã được tiến hành là: chế độ kế hoạch, thống kê, báo cáo, lưu trữ hồ sơ bệnh án, hội họp sinh hoạt. Ngoài ra một số chuyên khoa hoặc bộ phận còn xây dựng thêm một số chế độ công tác đặc thù của riêng đơn vị mình (phòng khám, xét nghiệm, nhà mổ, dược).
Các ban, các bộ phận cũng xây dựng chức trách riêng của từng người, lúc đầu còn đơn giản, sau càng ngày càng được cụ thể hóa hơn.
Chế độ học tập chuyên môn được duy trì thường xuyên. Mỗi tuần, cán bộ, nhân viên học 2 tối dưới ánh đèn măng-sông mà giảng viên là các bác sĩ, quân y sĩ.
Về chế độ nuôi dưỡng thương binh, bệnh binh, từ đầu năm 1952, tiêu chuẩn sinh hoạt dựa trên giá gạo thị trường, thương bệnh binh ăn theo 3 chế độ (1,5kg - 2,6kg - 3,5kg).
Tháng 7/1953:
Phân viện tổ chức nghiên cứu tài liệu về chính sách tinh binh (gọi là chỉnh biên). Lúc này, Phân viện 8 được Cục Quân y giao thêm nhiệm vụ: Làm cơ sở thực tập cho lớp quân y sĩ (thay Phân viện 5). Mở một lớp đào tạo y tá cho các công nhân dược dôi ra sau khi chỉnh biên ở các xí nghiệp. Lớp này do quân y sĩ Nguyễn Chi Phương phụ trách và đại đa số y tá tốt nghiệp lớp này được bổ sung cho đội điều trị đi phục vụ Chiến dịch Điện Biên Phủ.
Tuy vậy, nhiệm vụ chính của Phân viện vẫn là công tác điều trị. Lúc này, thương binh chủ yếu vẫn là vết thương chi (cắt cụt, cốt tủy viêm, can lệch, khớp giả, một ít di chứng vết thương mạch máu…). Về nội khoa, chủ yếu là sốt rét, ghẻ, kiết lỵ, một số mạn tính về tiêu hóa, thần kinh; có cả bệnh nhân lao, phong. Về cấp cứu: Có một số ca sốt rét ác tính; bệnh nhân thường dân có trường hợp bỏng, uốn ván, bị thương do trâu húc, đẻ khó. Ngoài ra, Phân viện còn phải xử trí một số dân bị thương do địch bắn phá quanh vùng.
* Về điều trị, Phân viện đã xử trí thành công một số kỹ thuật cơ bản. Đối với vết thương phần mềm chủ yếu là mở rộng lấy dị vật; đối với cốt tủy viêm là nạo rò, lấy xương chết, trám cơ; đối với các mỏm cụt cũng chỉ giải quyết rò, cốt tủy viêm, không tạo hình mỏm cụt vì không có điều kiện làm chân giả; một số thông phồng động - tĩnh mạch được bác sĩ Nguyễn Trinh Cơ, bác sĩ Phạm Gia Triệu xử trí; các bác sĩ Vũ Đình Tụng và Tôn Thất Tùng cũng đến hội chẩn và mổ.
* Về điều trị nội khoa: sốt rét chủ yếu chữa bằng Quinosérum, để cắt cơn vì các thuốc khác như Quinacrin, Primaquin, Rhodoquin, Nivaquin, Quinoforme còn rất hiếm. Chữa ghẻ bằng Liqueur Welminck do Ban Dược pha chế. Chữa kiết lỵ bằng viên Stovarsol, nặng thì tiêm Emetin.
* Về Tai - Mũi - Họng: chủ yếu là nạo VA, cắt polype mũi. Về Mắt: mổ quặm. Về Răng: làm được hàm nhựa, điều trị viêm quanh răng, răng sâu, diệt tủy, nhổ răng.
* Hóa nghiệm có khả năng đếm hồng cầu, bạch cầu, tìm ký sinh trùng sốt rét. Bác sĩ Nguyễn Thế Khánh phát hiện được cả xoắn trùng bằng kính hiển vi nền đen, chữa lành một ca Leptospirose, còn 1 trường hợp tử vong do chẩn đoán sai là sốt rét. Về Xquang, sử dụng máy Picker phát hiện một số tràn dịch màng phổi, gắp mảnh đạn.
Tháng 7/1966:
Bệnh viện tiếp tục di chuyển đợt thứ hai lên khu B (huyện Lập Thạch, tỉnh Vĩnh Phú), chủ yếu là thương binh, bệnh binh nhẹ và các chuyên khoa ngoại, tổ chức thành Khoa B4 do bác sĩ Phan Huy Thát phụ trách. Đối với các thành phần còn lại của các khoa B2, B3, B5 chuyển thành Khoa B8 và B8 đổi thành B10, do bác sĩ Nguyễn Huy Thọ phụ trách; cùng chuyển đợt này còn có Khoa A5. Khi đó, tại khu A ở Hà Nội, các khoa được tổ chức gọn nhẹ thành 3 liên khoa B1 với B7; B2, B3 với B5 và các chuyên khoa ngoại. Về điều trị Nội, Khoa A1 phục vụ cán bộ cao cấp và chuyên gia, Khoa A4, A9 và một phần Khoa A7. Riêng Khoa A6 điều trị cho thương bệnh binh là phi công, do bác sĩ Nguyễn Văn Minh làm Chủ nhiệm, cùng một số bác sĩ của Quân chủng Phòng không - Không quân. Khoa A10 trở thành Khoa cấp cứu Nội
Giai đoạn trước tháng 7/1966, trong điều kiện chiến tranh ngày càng ác liệt trên phạm vi cả nước, để phù hợp với hoàn cảnh chiến trường và thực hiện nhiệm vụ thời chiến, chấp hành chỉ thị của trên, tháng 6 năm 1966, Bệnh viện sơ tán về huyện Lập Thạch, tỉnh Vĩnh Phú (khu B). Tại đây Khoa A2, Khoa A3, một phần Khoa A7, cùng một số thương binh, bệnh binh của Khoa B3, B5, một bộ phận Khoa A10 và A4.
Tháng 7/1970:
Đảng bộ Viện Quân y 108 thành lập thêm 2 chi bộ (Phòng Khám bệnh và Khoa Răng - Mặt); tháng 10 năm 1970, thêm 2 chi bộ (Chính trị và Y vụ); tháng 1 năm 1971 thành lập thêm chi bộ Văn thư. Tháng 7 năm 1971, các chi bộ Khoa Mắt, B7, B4, B6, A2, Sản phụ, Cấp dưỡng và Quân nhu ra đời, đưa tổng số chi bộ của toàn Đảng bộ Viện Quân y 108 lên tới 29, trong đó có 13 chi bộ độc lập. Số đảng viên tính đến đầu năm 1969, toàn Đảng bộ có 212 đồng chí, đây là hạt nhân đoàn kết, lãnh đạo đơn vị làm tốt nhiệm vụ khám chữa bệnh.
Từ ngày 19-21/7/1976:
Đảng bộ Viện Quân y 108 tiến hành Đại hội đại biểu lần thứ XV (lúc này Đảng bộ Viện là tổ chức cơ sở đảng trực thuộc Đảng bộ Cục Quân y và Đại hội Đảng bộ nhiệm kỳ của Viện được tiến hành hằng năm). Đại hội đã bầu Ban Chấp hành Đảng bộ Viện Quân y 108 lần thứ XV gồm 13 đồng chí ủy viên chính thức và 2 đồng chí ủy viên dự khuyết. Tại phiên họp đầu tiên, Đảng ủy khóa mới bầu đồng chí Lê Đình Lý làm Bí thư và đồng chí Khuất Duy Kính làm Phó Bí thư Đảng ủy.
Tháng 7/1994:
Bệnh viện đăng cai hội nghị khoa học toàn quân lần thứ 4 về "Phòng chống sốt rét và các bệnh truyền nhiễm" và đã ra được tập san khoa học gồm toàn bộ các báo cáo khoa học từ các tuyến gửi về. Trong những năm 90, công tác nghiên cứu khoa học ngày càng trở thành gắn bó hữu cơ với việc nâng cao chất lượng chẩn đoán và điều trị bệnh. Hoạt động nghiên cứu khoa học của Bệnh viện lúc này tập trung vào những vấn đề nóng bỏng nhất và theo đúng chỉ đạo của ngành, cơ quan chức năng của Bộ và Tổng cục Hậu cần, thu kết quả tốt và có tác dụng thiết thực nổi bật: chương trình phòng chống sốt rét trong quân đội, những đề tài phòng chống các bệnh ở người lớn tuổi: cao huyết áp, ung thư gan, u xơ tiền liệt tuyến, ung thư dạ dày…; các chương trình ứng dụng tiến bộ khoa học kỹ thuật mới trong y học như: vi phẫu, Laser, chấn thương chỉnh hình…
Ngày 03/7/2000:
Bệnh viện tổ chức đưa vào vận hành Khoa Khám bệnh theo mô hình mới. Từ đây, Bệnh viện chính thức có hai khoa khám bệnh: Khoa khám bệnh Đa khoa và Khoa khám bệnh A1.
Mô hình mới bắt đầu tự sự kiện: Để tăng cường sự lãnh đạo của Đảng đối với Bệnh viện trong tình hình mới, ngày 27 tháng 6 năm 2000, Thường vụ Đảng ủy Tổng cục Hậu cần ra Quyết định số 187/QĐ-TVĐ về việc nâng cấp Đảng bộ Bệnh viện Trung ương Quân đội 108 từ Đảng bộ cơ sở lên Đảng bộ cấp trên trực tiếp cơ sở (có 2 Đảng bộ cơ sở là Đảng bộ Phòng Hậu cần và Đảng bộ Khoa Dược) trực thuộc Đảng ủy Tổng cục Hậu cần. Sự kiện lịch sử này đánh dấu mốc phát triển về quá trình xây dựng và trưởng thành của Đảng bộ Bệnh viện trong năm cuối cùng của thế kỷ XX, tạo tiền đề thuận lợi để xây dựng, phát triển vững chắc trong những năm đầu thế kỷ XXI.
Ngày 07/7/2012:
Bệnh viện tổ chức Lễ khởi công xây dựng cụm công trình trung tâm khám, chữa bệnh chuyên khoa, nhà kỹ thuật nghiệp vụ cận lâm sàng. Cụm công trình là sự quan tâm đặc biệt của lãnh đạo Đảng, Nhà nước, Quân ủy Trung ương – Bộ Quốc phòng nhằm phát triển Bệnh viện trở thành trung tâm y tế hàng đầu của Quân đội và cả nước, mang tầm đẳng cấp quốc tế. Cụm công trình trung tâm gồm 3 tòa nhà, trong đó, 2 tòa nhà 22 tầng nổi (nhà nội khoa, ngoại khoa và chuyên khoa); 1 tòa nhà 10 tầng nổi (nhà các khoa cận lâm sàng). Đây là tổ hợp y tế hiện đại, tiên tiến và đồng bộ với tổng diện tích sàn xây dựng là 150.000m2, quy mô 2.000 giường bệnh. Sau 6 năm xây dựng, ngày 17/12/2018, Bệnh viện tổ chức khánh thành và đưa vào sử dụng Cụm công trình y tế hiện đại bậc nhất Việt Nam, mở ra thời kỳ phát triển mới của Bệnh viện.
Ngày 17/7/2017:
Thủ trưởng Bộ Quốc phòng ban hành Quyết định số 2811/QĐ-BQP phê duyệt “Đề án Khoa học công nghệ tăng cường năng lực nghiên cứu để phát triển kỹ thuật ghép mô, bộ phận cơ thể người tại Bệnh viện Trung ương Quân đội 108”. Sau khi nhận nhiệm vụ, Bệnh viện đã tập trung mọi nguồn lực, xây dựng cơ sở vật chất, trang thiết bị, vật tư, thuốc, hóa chất và đào tạo nguồn nhân lực chất lượng cao. Bệnh viện đã triển khai đồng bộ các kỹ thuật ghép mô, bộ phận cơ thể người gồm các tạng: Thận, gan, tủy, giác mạc... và từng bước tiếp cận, thực hiện ghép các tạng khó, phức tạp như: Chi thể, tim, phổi, khối tim phổi,…Quá trình triển khai Đề án, đội ngũ thầy thuốc của Bệnh viện lập được nhiều thành tích xuất sắc, có những thành tích lần đầu tiên được thực hiện ở Việt Nam và Đông Nam Á hoặc chưa có trong y văn thế giới như: Ghép phổi từ người cho chết não và điều phối, vận chuyển ghép đa tạng xuyên Việt ở hai đầu đất nước (2018); ghép chi thể đầu tiên ở khu vực Đông Nam Á, đồng thời cũng là ca ghép chi thể đầu tiên trên thế giới lấy từ người cho sống (2020); phẫu thuật nội soi lấy mảnh gan phải từ người hiến sống tiến hành ghép - đây là ca đầu tiên được thực hiện kỹ thuật này tại Việt Nam (2021); đến thời điểm hiện tại, với kỳ tích thực hiện 135 ca ghép gan, Bệnh viện trở thành trung tâm ghép gan lớn nhất toàn quốc, đồng thời cũng là đơn vị ghép gan từ người cho sống nhiều nhất cả nước.
Ngày 01/7/2019:
Cục Sở hữu trí tuệ Bộ Khoa học và Công nghệ đã cấp 3 bằng độc quyền sáng chế cho Bệnh viện Trung ương Quân đội 108 gồm: Quy trình xác định đột biến gen CALR và cặp mồi dùng trong quy trình này; Phương pháp phát hiện đột biến gen TERT; Quy trình phát hiện đột biến gen EGFR.
Ngày 14/7/2020:
Thủ tướng Chính phủ ra Quyết định số 68/QĐ-TTg về việc tổ chức lại Bệnh viện Trung ương Quân đội 108 trực thuộc Bộ Quốc phòng, nhằm đáp ứng yêu cầu phát triển của Ngành Quân y trong tình hình mới và yêu cầu của công tác chăm sóc sức khỏe cho cán bộ cao cấp của Đảng, Nhà nước, Quân đội; xây dựng Bệnh viện trở thành trung tâm y tế hàng đầu của Quân đội và cả nước, ngang tầm khu vực và thế giới.
Ngày 24-26/7/2020:
Đảng bộ Bệnh viện tổ chức Đại hội đại biểu Đảng bộ lần thứ XXXIV (nhiệm kỳ 2020 - 2025),Thượng tướng Trần Đơn - Ủy viên Trung ương Đảng, Ủy viên Thường vụ Quân ủy Trung ương, Thứ trưởng Bộ Quốc phòng đến dự và chỉ đạo Đại hội. Đại hội bầu Ban Chấp hành Đảng bộ Bệnh viện lần thứ XXXIV, nhiệm kỳ 2020 - 2025 gồm 17 đồng chí; bầu 03 đồng chí đại biểu chính thức và 01 đồng chí dự khuyết đi dự Đại hội Đảng bộ Quân đội lần thứ XI. Tại phiên họp đầu tiên của Đảng ủy nhiệm kỳ khóa mới, Đảng ủy đã tiến hành bầu Ban Thường vụ gồm 05 đồng chí: Đồng chí Mai Hồng Bàng, Giám đốc Bệnh viện được bầu làm Bí thư Đảng ủy; đồng chí Phạm Nguyên Sơn, Phó Giám đốc Bệnh viện được bầu làm Phó Bí thư Đảng ủy; Ủy viên Thường vụ là đồng chí Lâm Khánh – Phó Giám đốc Bệnh viện, đồng chí Lê Hữu Song – Phó Giám đốc Bệnh viện, đồng chí Bùi Tuấn Khoa – Chủ nhiệm Chính trị Bệnh viện.